Il Giro del 1998 parte da Nizza. Nessuno ha motivo di accorgersi della presenza di Pantani fino all'undicesima tappa, che vede il pirata arrivare secondo al traguardo di San Marino dietro Tonkov.
Nella tredicesima tappa, la Carpi-Schio, la pioggia battente fa cadere Pantani, che fortunatamente si rialza. Il giorno dopo arriva la prima sofferta vittoria a Piancavallo, grazie anche al costante supporto di tutta la "Mercatone Uno", che aveva sostenuto il capitano in ogni tappa.
La tappa Udine-Asiago, vinta da Fabiano Fontanelli, un altro corridore della Mercatone Uno, consegna la maglia rosa al Pirata.
L'ultima settimana fu un continuo duello tra Pantani e Tonkov; la tappa decisiva per il Giro fu la vittoria a Plan di Montecampione. A 16 km al traguardo Pantani scatta ma Tonkov gli sta a ruota. Gli ultimi km sono un testa a testa emozionante, Tonkov non vuole lasciare un centimetro all'avversario ma a poche centinaia di metri dal traguardo deve cedere e si siede sulla sella, mentre Pantani continua a spingere fino al rettilineo finale. “Marco Pantani vince, trionfa, alza le braccia al cielo� sono le parole con cui Adriano De Zan commenta la fine della tappa. E' stata messa una grossa ipoteca sulla vittoria finale.
L'ultimo ostacolo da superare è la sfida contro il tempo, tradizionalmente poco consona a Pantani. Incredibilmente arriva terzo nei 34km della cronometro individuale della penultima tappa, la Mendrisio-Lugano.
Il 7 Giugno l'81° Giro d'Italia arriva a Milano. Marco Pantani è il trionfatore assoluto: vincitore della maglia rosa, della maglia verde e secondo per la maglia ciclamino.
La vittoria viene dedicata a Luciano Pezzi, l'uomo che l'ha voluto alla Mercatone Uno e che gli ha costruito una squadra su misura.